Natürlich beherrscht er sämtliche Standart Jutsus und zumindest Nagato selbst dürfte auch viele Ninjutsu aus sämtlichen Elementbereichen beherrschen, zusätzlich beherrscht er jedoch noch folgende Jutsus:
Tendo: Shinra Tensei, Banshō Tenin, Fūinjutsu: Genryū Kyū Fūjin, Gentōshin no Jutsu, Ukojizai no Jutsu
Chikushodo: Kawarimi no Jutsu, Kuchiyose no Jutsu, Zōfuku Kuchiyose no Jutsu
Ningendo: Pains Seelenentziehungstechnik, Technik des Gedankenlesens
Gakido: Fūjutsu Kyūin
Jigokudo: Pains Höllenstatuentechnik
Shurado: Kaiwan no Hiya
nicht zuordnungsbar: Gofū Kekkai, Kyōmen Shūja no Jutsu, Shōten no Jutsu
Außerdem beherrscht Pain vermutlich noch weitere Techniken, die jedoch nicht bekannt sind.